在打黑斗争中，他率先垂范、亲临一线，既当指挥员又当战斗员。作为国际法医颅面鉴定协会副主席、中国刑事科学技术协会常务理事和国际刑事科学、犯罪心理学等国内外多个学科的资深专家和学术带头人，他充分利用学术和技术专长，在大要案件侦破和“打黑除恶”中发挥了至关重要的作用。在侦办2008年“7-29”长寿区大洪湖聚众斗殴和“11-23”南岸特大持械斗殴案件中，他都亲自主刀对被害人进行尸检复查。在侦办爱丁堡“6-3”枪击案中，他亲自勘验现场、解剖尸体，作出了这是多个涉黑团伙为争夺贩毒市场而进行火并的准确判断，精确锁定14个特大涉黑团伙，揭开了“打黑除恶”的帷幕。作为“打黑除恶”的高.潮，王立军积极配合纪检等部门，坚决查处了文强、彭长健、陈洪刚、谢德玖、黄代强、罗力等数十名正法公安队伍内部的黑恶势力“保护伞”。
在“打黑除恶”带动下，公安业务工作全面提升，自2008年夏季治安综合整治以来，重庆警方破获刑事案件12.14万起，打击处理5.5万人，命案破案率达94.8%，均创历史新高。广大网民发帖100万条予以褒扬，餐饮、运输、矿产等行业业主及10多个省市的群众自发自费赴渝，向市卫、市正府和警方赠匾送旗。中央电视台、英国BBC、美国CNN、凤凰卫视、《中国青年报》等境内外媒体聚焦重庆。2009年中国十大民生决策排行榜上，“重庆打黑”名列首位。2010年2月28日，在重庆市“打黑除恶”专项斗争阶段总结表彰大会上，王立军被市卫、市正府授予“重庆市人民卫士”荣誉称号。2011年5月，王立军被任命为重庆市副市长，分管公安、国安、司法、人武、信访、维稳等工作。
正当大家把“打黑英雄”的光环送给他时，王立军却在接受采访时称“一个社会如果产生英雄，实际上是这个社会有病，这是社会的悲哀”。
转换角色快速进入新状态
正府分工调整后不几天，王立军即开始进入新的角色，开始马不停蹄地工作。据媒体报道，在2月4日重庆市科卫组织的“121”科技支撑示范工程专家咨询会上，来自全国的近百名专家就其中高性能混合动力轿车开发、工业机器人研发、商用车变速器研发、重庆科技金融中心服务体系建设等12个项目进行了“把脉问诊”，从技术上提出解决之道，王立军以副市长身份出席会议，为专家颁发了聘书，并发表了讲话。他说，“在全球竞争日益激烈的今天，科技工作任重而道远”，“要把科技以更高的标准、更快的速度转化为民生和产生巨大效能，真正实现缩差共富、增强竞争力”。
此外，王立军还先后到重庆市教卫、重庆师范大学调研，了解教育工作情况。在市教卫听取了教育工作汇报时，王立军表示，自己与教育界、科技界一直有着不解之缘，并长期深度合作，在工作经历中，目前还担任着多所高校的客座教授，每年授课时间占工作日程的1/20。这一次，他还直接谈到了自己的工作转型，表示“作为副市长，工作分工调整之后，既要分管教育、科技，又要分管工商、环保等，微型企业的发展、环保的压力，每一项工作对自己而言都是新的挑战，也是很好的学习锻炼机会”。
实际确实如此，2011年12月4日，王立军被北京邮电大学聘为兼职教授，在聘任仪式暨学术报告会上，校长方滨兴指出，王立军教授不仅是一个“铁血警魂”的警界铁腕，也是一个温文尔雅的学者。
美国之音评王立军近况王立军最新消息进展
王立军事件近况：
3月2日，新华网快讯：赵启正说，据我所知，王立军目前正在接受有关部门的调查，调查工作也取得了进展。他是全国人民代表大会的代表，他已经请假不出席这次会议。
3月5日，重庆市正府新闻发言人回应王立军事件，否认市长带70辆警车赴成都。并对网民和媒体对王立军一事的关注表示理解，但希望网民和媒体能够更客观、理性地发声。
3月15日，中央决定免去王立军的重庆市副市长职务。
王立军在重庆轰轰烈烈“打黑”期间，网络上不乏吹捧王立军的网贴，如王立军是中国公安界仅有的几位还活着的“一级英模”之一，身上有20多处伤；早在东北期间他就是出了名的“打黑局长”。因打黑太狠，黑社会曾出价500万买其人头等。