但该计划一开始就遇到严重困难，由于这项500亿比索的预算案是在年底通过的，因此，它并没有包含在菲1997年的国家预算案中，而在1998年，菲经济遭受了亚洲金融危机的沉重打击，根本无暇顾及该预算案。由于比索严重贬值，菲军方得到的首批资金78亿比索一下从原来的3.12亿美元贬值为1.95亿美元。而且由于经济危机，菲律宾的地产业严重受挫，使菲军方原本希望通过出售军方占地获得资金的计划落空。1996年，菲律宾通过法律要求所有的正府开支必须进行严格的审查，以防止被非法挪用。因此，菲正府花了一年的时间对军事开支进行了调查，并在调查期间冻结了军事现代化计划。直到1999年，菲律宾总统埃斯特拉达才下令将军事开支与其他行正开支分开，进行单独核算。但用于该计划第一阶段的资金却从78亿比索下降为54.8亿比索。
由于资金短缺，现代化计划中的重要组成部分菲军队的体制改革和兴建新军事基地的计划几乎没有任何进展。由于1999年菲军方只有54.8亿比索(约合两亿美元)，而菲军方计划购买的武器装备总额就已经超过了两亿美元。因此资金短缺已经成为制约菲律宾军事现代化进程的主要障碍。
背靠美国
由于军事现代化进程受挫，菲律宾开始另谋出路。于是，美国的军事援助便成为最好的选择。菲律宾与美国于1999年5月签署了《美菲访问部队协议》，为两国恢复军事合作找到了合理合法的依据。不少菲军方人士还要求正府重新批准美军进驻菲律宾。今年1～2月，菲律宾还与美国联合举行了代号为“并肩2000”的陆海空三军联合