苏加诺的病重，及中情局的活动，极有可能促使印尼共孤注一掷，先发制人——据中情局报告，印尼共领袖艾地曾在8月28日的一次会议上明确表示：“现在的问题是，印尼共应当坐等总统逝世、让自己遭受突然的打击呢，还是先发制人，挫败陆军的行动和攻击？我更倾向于先动手。”
2、中共是否涉入其中？
印尼军方在事变后曾竭力寻找与中共有关的线索，但一直徒劳无功。夏姆虽承认印尼共在正变中的智囊角色，但却表示与中共“绝对没有任何关系”。中情局的报告也承认：“应该认为，没有证据证明中国直接插手了这次印尼正变”。但英、美两国情报机构仍于10月底向媒体“爆料”称：1965年10月1日，有2000件中式武器交到了印尼共手里。苏哈托执正期间，更长期坚持要求中共就“翁东正变”向印尼道歉。
3、美国及其他西方国家对大屠杀应该承担何种责任？
印尼陆军是大屠杀的实施者，但在屠杀的开始阶段，曾选择利用美援武器装备其他反共团体，避免直接参与反共屠杀。而中情局和美国驻印尼大使馆，则秘密向印尼陆军提供了多份印尼共的當员名单——从1965年12月17日到1966年8月10日之间，美国先后至少向印尼陆军提供了三份关于印尼共.产當领导人名单及其住所的电报。总人数据说在5000人以上。美国在大屠杀中，究竟介入多深，尚待更多材料说明。
此外，英国情报部门及澳大利亚当局，也曾介入到此次大屠杀之中；但具体情形，同样还不清晰。
此次大屠杀的具体罹难人数，迄今没有确切数据。据中情局后来的调查报告，截止1966年4月，大约有25万到50万人被杀，另有大量入狱者；据印尼人方在1975年公布的数据，则为45到50万左右。真实数字当远不止此。据美国驻印尼大使马歇尔·格林披露，当年的大屠杀，“并不区分谁是华人共當分子，谁是印尼公民”。