▲外观方面：
弹道导弹没有进气口，大多数没有弹翼，有也是固定的，并非舵面，改变自身的飞行姿态需要用火箭发动机喷口进行。
巡航导弹有进气口，有可以折叠的宽大的弹翼（相对弹道导弹而言）用于在飞行过程中获得升力，飞行姿态由各个活动舵面调整，类似飞机。
UGM-133三叉戟2潜射弹道导弹，弹体上没有弹翼
（P-270反舰巡航导弹，北约代号SS-N-22，可以看到折叠的弹翼和进气口）
▲攻击方式方面：
近程弹道导弹是一个高高的抛物线，类似于炮弹的弹道，故得名弹道导弹。洲际弹道导弹只把弹头送上太空，弹头运动到目标上方后再砸下来。
而巡航导弹可以贴着海面、地面飞行。
▲载荷方面：
一般来说，弹道导弹的重量、体积、动力都比巡航导弹大的多，载荷自然也比巡航导弹大得多。且弹道导弹拥有搭载多枚弹头攻击多个目标的能力，
巡航导弹则无。
LGM-118“和平卫士”弹道导弹的分导式多弹头
▲发射平台方面：
两者都可以陆上重型车辆发射、发射井发射、水面舰艇发射、潜艇发射。但巡航导弹已有空射型，弹道导弹则无。
▲制导系统方面：
弹道导弹的制导方式有天文制导、惯性制导等，精度较差，有的误差甚至超过100米。
而巡航导弹的制导方式较为丰富，有惯性制导、卫星定为制导、地形匹配制导、景象匹配制导、乘波制导等，精度较好，误差可以降到10米以内。
▲防御措施方面：
弹道导弹的弹道较高，容易被雷达发现，在发射后的爬升阶段速度不快，许多有反导能力的防空导弹都能在此阶段将其追上并击毁，固较容易拦截。但在下落阶段速度极快，故此阶段的拦截难度很大。
巡航导弹可以贴着地面或海面飞行，相比弹道导弹不容易被发现。但是速度较慢，较容易拦截，战斗机都可以将其追上并击毁。