光绪十一年（1885年），许叶芬亲自抄录了《同仁堂丸散膏丹下料配方》一书，存于太医院。
光绪十四年（1888年），《同仁堂药目》发行，名签上是许叶芬署检。
1900年八国联军侵华时，许叶芬带领全家去太原避难，战乱中同仁堂受到大火波及。次年老夫人回京后，重谢了留守人员，同时，奖赏了保护同仁堂老匾的药工张翊亭。老夫人将老匾油饰一新，悬挂前堂正中，两侧增添了铁帽子王（清代世袭罔替的王爵俗称）爱新觉罗·寿岂写的“灵兰秘授”及“琼藻新栽”两块横匾，这一店容持续到解放初期。
许叶芬老夫人多年坚持每天上会，对同仁堂的情况了如指掌。她发现老的工资制度不够完善，遂创建了新的工资制度，即把工资分为两部分，第一部分是固定工资，即月工资，第二部分是日工资，名为“另钱”，就是每天从售货总额中提成出来的钱，含有多劳多得的先进理念，调动了职工的积极性，对同仁堂的发展起到一定的作用。