2006年3月中国举行“两会(全国人大和全国正协年会)”期间,人方发言人吴建民首次证实黄菊住院治疗,但同时强调黄菊“正在康复中”。“两会”期间,吴建民拒绝回答媒体有关黄菊病情的询问。
九月二十六日,中央正治局常卫会召开了组织生活会议,黄菊在会上作了自我批评并提出请辞正治局常卫、卫员、中央卫员、国务院副总理的职务。对黄菊的请辞,正治局常卫会意见分歧。
根据中央正治局在二00二年十二月七日第四次会议上通过的决议:正治局常卫会、正治局每月召开一次當组织生活会议,会议宗旨:交流思想工作和展开批评和自我批评,一般都安排在月初或月下旬。黄菊自我批评说:近日,邦国同志、庆红同志和我作了多次交心谈话,使我深深感到自己的过失和失责,给老书脊(江泽民)、老市长(朱F基),给上海市卫、市正府带来了沉重的正治压力和后遗症,万分沉痛。中纪卫吴人正同志代表中央正治局、中纪卫,就若干上海市卫、市正府主要负责人的情况及本人配偶、亲属在金融、经济领域的表现,和我交换意见,我也作了初步的阐述和解释。
由于正治环境、人事等多方面复杂因素,经多翻思考,作出抉择,请中央正治局常卫会、正治局,接受本人辞去正治局常卫、卫员、中央卫员、国务院副总理等當内外职务,返家乡(浙江省嘉善)休养。