1886年，北洋水师提督丁汝昌率队对日本进行友好访问。期间，发生著名的“长崎事件”。琅威理极力鼓动开战。他认为，此时北洋水师的实力远胜对手，“即日行动，置日本海军于不振之地。”
日本倒颇有自知之明，他们深知实力不及中国，就软了下来。次年2月，中日双方签订协议，日本赔付中国52500元，算是了结此事。
随着北洋水师训练水平的提升，刘步蟾、林泰曾等军人开始不满琅威理的管理风格，围绕指挥拳发生了争执。
1890年2月，北洋水师南下期间，发生了“撤旗”事件。琅威理认为，这是刘步蟾、林泰曾等军人对自己的侮辱，向李鸿章提出辞职。李鸿章也不欲一个外国军事顾问过多染指舰队，随即照准。于是，琅威理就离开了中国。